Bộ Ngoại giao và Thương mại có gốc gác từ hai trong số bảy bộ Thịnh vượng chung được thành lập sau Liên bang Úc ra đời, đó là Bộ Thương mại và Hải quan và Bộ Ngoại giao (1901-1916).[4]

Bộ bị giải thể vào ngày 14 tháng 11 năm 1916 và trách nhiệm của bộ thì thuộc về Văn phòng Thủ tướng và Nội các và Văn phòng Đối nội và Lãnh thổ. Bộ được tái lập ngày 21 tháng 12 năm 1921.[5]

Cho đến Chiến tranh thế giới thứ hai, Úc vẫn là một đất bảo hộ của Đế quốc Anh, nằm trong Khối Thịnh vượng chung Anh nên chính sách đối ngoại của Úc chủ yếu được Anh Quốc định hình. Thời gian này, chiếm phần lớn các hoạt động ở hải ngoại của Úc là những hoạt động liên quan đến thương mại, buôn bán mặc dù chính sách đối ngoại dành sự quan tâm chủ yếu cho vấn đề nhập cư, thám hiểm và quảng bá hình ảnh.[4] Tình hình chính trị và kinh tế đổi thay do Đại khủng hoảng và Chiến tranh thế giới thứ hai gây ra, cùng với sự ban hành Luật Westminster 1931 đã thúc đẩy thành lập và mở rộng sự hiện diện của Úc ở nước ngoài, độc lập với Văn phòng Đối ngoại của Anh Quốc. Úc bắt đầu thành lập phái đoàn ngoại giao (ngoài Luân Đôn) ở nước ngoài vào năm 1940 tại Washington, D.C., Mỹ và đến nay đã có trên 80 đại diện ngoại giao (và 22 đại diện thương mại).[4]

Từ 1921 đến 1970, Bộ mang tên Bộ Sự vụ Đối ngoại (Department of External Affairs). Năm 1970, Úc đổi tên bộ này thành Bộ Ngoại giao (Department of Foreign Affairs). Ngày 24 tháng 7 năm 1987, Bộ Ngoại giao nhập cùng Bộ Thương mại thành Bộ Ngoại giao và Thương mại.